UV sistemos ekonomiką lemia šie veiksniai: įrangos kaina ir tarnavimo laikas; elektros efektyvumas; sterilizacijos efekto sumažėjimo laipsnis veikimo metu; elektros sąnaudos ir kt. Ekonominė ultravioletinių spindulių dezinfekavimo sistemos analizė dar nepadarė išvados. Yra daug analizės ataskaitų su skirtingomis išvadomis. Yra nuomonių, kad ultravioletinių spindulių dezinfekavimo prietaisas sunaudoja daug elektros energijos, o techninė priežiūra ir kaina yra dideli. Didelių sistemų investicijos į įrangą yra didesnės nei ozono sistemos, o eksploatavimo išlaidos yra panašios kaip ozono; tačiau mažoje gryno vandens gamybos sistemoje investicijos yra mažesnės nei ozono įrenginio. Taip pat yra nuomonių, kad tūkstančių tonų per dieną ar daugiau apdorojančioms svarstyklėms labai naudingos UV dezinfekavimo sistemos investicinės ir eksploatacinės išlaidos, kurios yra daug mažesnės nei chlorinimo ir ozono dezinfekcijos išlaidos. Pavyzdžiui, yra analitinių duomenų ataskaitų, kad statant mažą geriamojo vandens valymo įrenginį, kurio gyventojų skaičius svyruoja nuo 10 iki 25 000, apytikslis ultravioletinių, chloro dioksido ir ozono dezinfekcijos išlaidų santykis yra 1: 4: (8–9), gyventojų daugiau nei 500 000 socialinių organizacijų, išlaidų santykis yra maždaug 1: 2,5: 2,5.
Į šias sąnaudų sąmatas neįtraukiamos papildomos dezinfekcijos šalutinių produktų ir kriptosporidio cistų pašalinimo išlaidos, kai atliekami dezinfekavimo ne UV spinduliais procesai. Be to, analizės duomenys rodo, kad ultravioletinių spindulių dezinfekcijos investicinės ir eksploatacinės išlaidos yra mažesnės nei chloro dezinfekcijos, o dezinfekcijos išlaidos yra maždaug perpus mažesnės nei chloro, tačiau skirtumas mažėja plečiant vandens valymo skalę.
Prancūzijoje ir buvusioje Sovietų Sąjungoje ultravioletinių spindulių dezinfekcija apsiribojo maža įranga. Sukurta didelė įranga turėjo nuosekliai įrengti ultravioletines lempas filtruoto vandens tinkluose. Jungtinėse Amerikos Valstijose ultravioletinių spindulių dezinfekcija taip pat apsiriboja maža įranga ir baseinais, dažnai derinama su kitomis dezinfekavimo priemonėmis. Tačiau praktikoje buvo pranešta, kad geriamojo vandens augalų, naudojančių ultravioletinę dezinfekciją, mastas per dieną viršijo 1,5 milijono tonų.